История начинается с угроз против губернатора Токио. Вскоре, лишь с помощью умения Конана быстро мыслить и предсказывать любые смертельные исходы, удаётся предотвратить взрыв в туннеле метро. Конан...

Дождливым днём ​​молодые детективы становятся свидетелями убийства через дорогу. Из-за интенсивного движения машин преступник ускользает, и у Конана остаётся лишь одна подсказка от умирающего...

Шуичи Акай стал мишенью таинственного снайпера так же, как и Масуми Сэра. Токио в панике, жители боятся попасть под огонь снайпера, о котором ничего неизвестно. Почему под прицелом оказалась Сэра?...

...

Эдогава Конан, Мори Ран, Мори Когоро и Судзуки Соноко вместе с другими гостями приглашены попробовать новейшую виртуальную игру на вечеринке, где вскоре происходит загадочное убийство.И теперь Конану...

Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь...