События сериала разворачиваются спустя два месяца после случившегося на подлодке «Туата Де Дананн» в конце первого сезона. «Мифрил» узнаёт о секретной организации, владеющей технологией, способной взломать ECS (систему электронных замков). Эта организация, известная как Амальгама, также обладает некоей «тёмной технологией», полученной от «виспера», такого же, как Канамэ Тидори, и, как и другие секретные службы, не хочет останавливаться на достигнутом... Когда миссия Сосукэ по защите Тидори отозвана «Мифрилом», всё необходимое для плана Амальгамы расставлено на места...